Sancionó el Punto Final y la Obediencia Debida.
Se terminó rindiendo ante los Carapintadas en Semana Santa de 1987.
Desde su Asunción en 1983, Alfonsín hizo todos los esfuerzos para reducir el alcance de los Juicios a los Militares. Fueron la presión de las masas y las incansables movilizaciones de los Organismos de Derechos Humanos quienes derrumbaron una a una las barreras de la impunidad.
Luego del Juicio a las Juntas, Alfonsín había decidido limitar el resto de los enjuiciamientos, dictando unas “Instrucciones Especiales” a sus fiscales.
Pero las avalanchas de Juicios se acumularon en todos los Juzgados.
Ley de Punto Final
En 1986 Alfonsín pactó con la Cúpula Castrense y a fin de año hizo aprobar la Ley de Punto Final, que planteaba que sólo quedaban sesenta días para presentar Denuncias, tras lo cual todas las causas prescribían.
Se trataba de una Aberración Jurídica donde el Gobierno Violaba todos los principios del Derecho Internacional, pues el Genocidio es un Delito de Lesa Humanidad y por lo tanto Imprescriptible.
Luego de la Sanción de la Ley, la presión de los Familiares de los Desaparecidos fue tal que en los escasos sesenta días que quedaban se presentaron más denuncias y se citaron más Militares que en los tres años anteriores.
Ley de Obediencia Debida
En junio de 1987 se aprueba la Ley de Obediencia Debida.
Ahí, nuevamente contra toda la Jurisprudencia Internacional, se establece que de Teniente Coronel para abajo, nadie es culpable de participación en el genocidio
“sin admitirse prueba en contrario”.
“sin admitirse prueba en contrario”.
Además, extiende esta presunción para los Oficiales Superiores que no fueran Jefes de Zona o Subzona.
Hoy la lucha popular derogó la Obediencia Debida y el Punto Final.
Esto iba a desatar la crisis de Semana Santa de 1987.
Primer alzamiento
El Primero de los Levantamientos Carapintada tuvo lugar en la Pascua de 1987.
El Primero de los Levantamientos Carapintada tuvo lugar en la Pascua de 1987. En protesta contra las acciones Judiciales llevadas a cabo por el Gobierno contra los Militares que participaron en la lucha contra la
Barreiro fue arrestado, a petición del Juez competente, por la autoridad Militar, y confinado en el Comando de Infantería Aerotransportada 14 del Tercer Cuerpo de Ejército, en la provincia de Córdoba.
Cuando la policía intentó hacerse cargo de Barreiro por el desacato a la Justicia, el Personal del Cuartel, 130 entre oficiales y soldados; se amotinaron, exigiendo el cese de los Juicios.
Otras Dependencias Militares se sumaron a la acción, en especial las Tropas al mando del Teniente Coronel Aldo Rico, entonces al mando del Regimiento de Infantería de San Javier (Misiones), que se acantonó en la Escuela de Infantería de Campo de Mayo.
Los reclamos de los ya apodados Carapintadas incluían la Destitución del Jefe del Ejército, el General Héctor Ríos Ereñú planteando que los Jefes que impartieron las órdenes "hoy están en libertad desprocesados, ascendidos y gozando de un privilegio que no merecen"
y exigiendo una solución política para los Juicios.
Y decía Rico que
“Si quienes dieron las órdenes van a la Justicia no tenemos ningún problema en ir todos a la justicia, pero ningún hombre de bien que vista uniforme militar puede ampararse escudándose en el sacrificio de sus Subalternos”.
Los principales Partidos del País: Unión Cívica Radical, Partido Justicialista, Unión de Centro democrático, Partido Demócrata Cristiano, Partido Intransigente,
Partido Comunista y Partido Socialista suscribieron el Acta de Compromiso Democrático, oponiéndose a la actitud de los Militares pero reconociendo varios grados de responsabilidad en el Combate a la Subversión.Este último punto llevó a las fuerzas de izquierda como el Movimiento al Socialismo, el Partido Comunista Revolucionario de la Argentina, el Partido Obrero, y las Madres de Plaza de Mayo a distanciarse del grupo de los firmantes.
El Presidente Alfonsín parlamentó con Rico en Campo de Mayo, en lo que se le cuestionaría luego como un acto de Debilidad Política.
A su regreso, desde el Balcón de la Casa Rosada, Anunciaría la Capitulación de los Amotinados.
"FELICES PASCUAS LA CASA ESTA EN ORDEN"Barreiro se escapó y fue capturado dos semanas más tarde.
Tanto él como Rico pasarían a manos de la justicia, Barreiro la Militar y Rico la Civil, siendo Juzgado en San Isidro por Insurrección.
Finalmente, meses más tarde, la Ley de Obediencia Debida satisfaría algunos de sus reclamos.
Rico fue el único que permaneció en Prisión, que debería cumplir en la Escuela de Suboficiales de Campo de Mayo, a la espera del juicio.
Segundo alzamiento
Sería nuevamente Rico la principal figura del Segundo Levantamiento Militar, que tuvo lugar en enero de 1988 en la Localidad de Monte Caseros Provincia de Corrientes.El 30 de diciembre se le había concedido el privilegio de Arresto Domiciliario; dos semanas más tarde, envió un comunicado afirmando que Desconocía la Autoridad del Estado Mayor del Ejército y de los Tribunales Militares por no ver Garantizada la Justicia, y Escapó.
La Autoridad Militar, el Teniente General José Dante Caridi, sucesor de Ríos Ereñú, declaró a Rico en Rebelión, y el Ministerio del Interior Ordenó su Captura inmediata.
Tres días más tarde se lo encontró en el Regimiento de Infantería 4 de Monte Caseros, cuyo Jefe, el Teniente Coronel Alvarez de Igarzabal declaró que Adhería al planteo de Rico, bautizado como Operación Dignidad. 
Caridi, al frente del Segundo Cuerpo de Ejército, hizo frente a las Tropas Insurrectas.Los detenidos fueron numerosos; Rico, tras declarar públicamente que no se arrepentía de sus actos y afirmar que la duda es la jactancia de los intelectuales, regresó a prisión.
Unos 430 Oficiales y Soldados serían llevados a Juicio por sus Acciones en los dos Alzamientos y, aunque los Juicios relativos a la Guerra contra la subversión disminuyeron, la protesta de las facciones promilitares no cesó.
Tercer alzamiento
El Tercero y último de los Alzamientos durante el Gobierno de Alfonsín tuvo lugar el01 de diciembre de 1988, cuando unos 45 Oficiales de la Unidad Albatros, un Cuerpo de Elite de la Prefectura Naval Argentina saqueó de armas el Arsenal de las Dependencias de Prefectura en Zárate, Provincia de Buenos Aires, y se Rebeló.
Alfonsín consideró el problema menor, al no Provenir del Ejército sino de una Fuerza de menor importancia, pero los Rebeldes se trasladaron a la Escuela de Infantería de Campo de Mayo, donde se sumaron a un grupo de Militares que nuevamente coparon el Cuartel.
Su líder era el entonces Coronel Mohamed Alí Seineldín, Cabeza de los Carapintada. Seineldín, un Carismático y Heroico Veterano de la Guerra de Malvinas, Asesor de Manuel Noriega en la formación de Comandos, y Declarado Miembro de la rama más nacionalista del Ejército, afirmó que el Objetivo de la Acción era Salvar el Honor de las Fuerzas Armadas.Caridi movilizó rápidamente las Tropas leales, rodeando rápidamente la Guarnición de Campo de Mayo.
Sin embargo, varios otros grupos declararon su Apoyo a los Carapintadas en la Provincia de Buenos Aires, así como en Provincia de Córdoba y provincia de Salta; la rebelión más importante fue la del Batallón de Logística 10 de Villa Martelli, en la periferia del Gran Buenos Aires, donde se dirigieron los Rebeldes de Campo de Mayo evadiendo el cerco.El General Isidro Cáceres fue destacado por el mando leal para enfrentarlos, pero con órdenes de no iniciar acciones armadas salvo en caso de extrema necesidad.
- la Destitución de Caridi.
- La extensión de la ley de Obediencia Debida a todo el personal militar excepto los miembros de la Junta.
- Amnistía para los procesados por los alzamientos anteriores, e inmunidad para todos los participantes en éste excepto Seineldín.
- Bajo el lema un acuerdo para evitar el derramamiento de sangre, el gobierno accedió a éstas casi sin excepción.
- Seineldín fue procesado, así como el mayor Hugo Abete, que no depuso las armas hasta varios días más tarde.
- Caridi fue pasado a retiro, y las exigencias militares de incrementos presupuestarios y salariales fueron atendidas.
Toma del Cuartel de La Tablada 
El 23 de Enero de 1989, durante el Gobierno de Raúl Alfonsín, Enrique Gorriarán Merlo lideró un grupo armado.Los miembros del MTP ingresaron al Regimiento 3 de La Tablada a las 6:30 a bordo de seis autos y un camión de Coca Cola y abrieron fuego contra la Guardia del Cuartel.
Nélida Tadía recordó hace unos años que su hijo Soldado «Estaba en la Guardia barriendo con una Escoba, pidió por su Vida levantando las manos pero lo Acribillaron».
El Movimiento Todos por la Patria (MTP), que intentó copar el Regimiento de Infantería Mecanizado 3 "General Belgrano" con asiento en La Tablada, acción en la que murieron 39 personas, entre ellas Cinco Soldados Conscriptos , 28 eran Civiles, 60 Heridos y 21 Militantes del MTP Presos.
El Movimiento justificó la toma diciendo que tenía el Objetivo de impedir un supuesto Golpe de estado planeado por el entonces candidato a presidente Carlos Saúl Menem y el ex militar Mohamed Alí Seineldín.
Un reducido Grupo de Personas encabezado por Gorriarán Merlo trató de "Fabricar un presente ficticio:
Fabricar en primer lugar la materia a ser interpretada -el ficticio golpe "Carapintada"- para sobre esta ficción erigir una mentira verosímil -fuimos a parar el golpe- que, bien instrumentada, deberá poder manipular ahora los sentimientos antigolpistas del pueblo en favor de la insurrección".
El episodio de violencia política terminó luego de 30 horas de enfrentamientos, durante las cuales se movilizaron 3.600 efectivos de la Policía y del Ejército.
Ya se habían producido tres alzamientos militares y el último se había desarrollado 50 días antes, el 3 de diciembre de 1988, en la localidad bonaerense de Villa Martelli.
El Movimiento justificó la toma diciendo que tenía el Objetivo de impedir un supuesto Golpe de estado planeado por el entonces candidato a presidente Carlos Saúl Menem y el ex militar Mohamed Alí Seineldín.Un reducido Grupo de Personas encabezado por Gorriarán Merlo trató de "Fabricar un presente ficticio:Fabricar en primer lugar la materia a ser interpretada -el ficticio golpe "Carapintada"- para sobre esta ficción erigir una mentira verosímil -fuimos a parar el golpe- que, bien instrumentada, deberá poder manipular ahora los sentimientos antigolpistas del pueblo en favor de la insurrección".El episodio de violencia política terminó luego de 30 horas de enfrentamientos, durante las cuales se movilizaron 3.600 efectivos de la Policía y del Ejército. Ya se habían producido tres alzamientos militares y el último se había desarrollado 50 días antes, el 3 de diciembre de 1988, en la localidad bonaerense de Villa Martelli. Una vez dentro del Regimiento, el Copamiento intentó llegar hasta el Sector de Casino de Oficiales y a los Galpones de Blindados, donde los Atacantes encontraron allí la primera fuerte resistencia.
A media mañana, los medios de Comunicación informaron que los Protagonistas NO eran Carapintadas sino un Grupo de Civiles.
La respuesta Militar -que duró 24 horas- era cada vez más intensa y dejaba en claro que no había ninguna posibilidad de éxito para los activistas que ingresaron al Cuartel.
Al día siguiente se produjo la Rendición de los Militantes con vida del MTP, un Grupo que tenía relación con el disuelto Ejército Revolucionario del Pueblo (ERP) y había actuado en la Ofensiva Subversiva de los años Setenta. 
El impacto en la opinión pública que tuvieron las imágenes transmitidas avalaron las demandas del Estado Mayor del Ejército sobre la necesidad de intervenir en los conflictos internos y realizar inteligencia interior. 
Algunas medios deslizaron en aquella época que la versión sobre el levantamiento Carapintada que iba a producirse fue en realidad una operación de la SIDE para incentivar al Grupo a llevar adelante un Ataque, mientras que otras hipótesis señalaron que las Fuerzas Armadas ya estaban avisadas del Intento. 
Paralelamente, se presentaron denuncias incluso ante organismos internacionales sobre el presunto fusilamiento de tres miembros del MTP, realizado posteriormente a su rendición.
Los miembros del Movimiento Todos por la Patria (MTP) arrestados tras el copamiento de La Tablada fueron amnistiados por Eduardo Duhalde, en tanto que siguen en curso investigaciones sobre “excesos militares” que habrían ocurrido durante la represión del ataque. 
Los apresados fueron condenados a través de la Ley de Defensa de la Democracia, por lo que no tuvieron derecho a la apelación y a un nuevo juicio.
En protesta por su situación procesal, los Detenidos por el Copamiento del Cuartel de La Tablada llevaron a cabo durante el 2000 una huelga de hambre durante 46 días.
El Presidente Fernando de la Rúa Decretó una Reducción de las Penas de los Detenidos con Excepción de Enrique Gorriarán Merlo.
En 2003, el Presidente Eduardo Duhalde Decretó -a días de terminar su mandato- una Amnistía para todos los Presos de La Tablada, incluido Gorriarán Merlo.
Enrique Gorriarán Merlo, líder del MTP, conformó la conducción del Ejercito Revolucionario del Pueblo (ERP), Grupo Guerrillero Socialista de la Década del 70, junto a Mario Roberto Santucho.
El 15 de Agosto de 1972 participó de la Fuga de la Cárcel de Rawson junto a otros Dirigentes Guerrilleros del ERP y Montoneros. Con la llegada de la Dictadura Militar, el 24 de Marzo de 1976, el ERP perdió terreno en su Lucha Armada y continuó su lucha fuera del País.
Gorriarán Merlo se trasladó a Nicaragua, donde continuó su lucha por la Revolución Socialista.
El 17 de Septiembre de 1980, Gorriarán Merlo fue uno de los ejecutores de Anastasio «Tachito» Somoza, ex Dictador Nicargüense, quien fue ultimado en una Emboscada en Asunción del Paraguay, donde estaba Refugiado.
Al regreso de la Democracia en Argentina, Gorriarán fundó el Movimiento Todos por la Patria (MTP) junto a Viejos Compañeros de militancia y de Lucha en Nicaragua.
En Enero de 1989, durante el Gobierno de Raúl Alfonsín, lideró el Grupo del MTP que intentó Copar el Regimiento Militar de La Tablada.
El Líder Guerrillero Justificó la toma diciendo que tenía el Objetivo de impedir un Supuesto Golpe de Estado planeado por el entonces Candidato a Presidente Carlos Saúl Menem y el ex Militar Mohamed Alí Seineldín.
Por ese Ataque, Gorriarán fue Detenido en 1995 en México y Extraditado hacia Argentina.
Tras ser condenado a prisión perpetua en 1996, falleció el 23 de Septiembre de 2006 en el Hospital Argerich de Buenos Aires, Víctima de un Paro Cardíaco.
